I sæson 2, som finder sted omtrent 18 måneder efter Sæson 1, på Jack stadig at komme sig efter sin kone Teris død og det kølige forhold til datteren Kim, som mener at det var Jacks farlige arbejde som var årsag til hendes mors død. Jack arbejder ikke længere for CTU, men da Det Hvide Hus modtager efterretninger som indikerer at en atombombe vil blive detoneret i Los Angeles i løbet af dagen, stoler præsident David Palmer på Jack som den eneste mand som han kan stole på vil finde den terroristcelle som er i besiddelse af bomben og forhindre den i at detonere.